Zgodnie z orzeczeniem Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej (TSUE) z dnia 29 września 2015 r., jednostka nadrzędna jest podatnikiem VAT. W wyniku wprowadzonych regulacji nastąpiła konieczność rozliczenia VAT w jednostkach podległych oraz wspólne rozliczenie podatku VAT w jednostkach nadrzędnych. Obowiązek ten wchodzi od 1 stycznia 2017r. Program SPRZEDAŻ umożliwia we współpracy z Programem DOM – Moduł Odpłatności wystawianie faktur zbiorczo lub indywidualnie dla podopiecznych. Na podstawie wystawionych faktur z systemu SPRZEDAŻ mamy możliwość automatycznego wygenerowania jednolitych plików kontrolnych, w odniesieniu do faktur sprzedaży wystawianych za jego pomocą czyli plików JPK_FA oraz JPK_VAT.